Las instituciones que conforman este subsistema realizan, además de las funciones de docencia, un amplio espectro de programas y proyectos de investigación (generación y aplicación innovadora del conocimiento), y de extensión y difusión de la cultura.
- Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM)
- Instituto Politécnico Nacional (IPN)
- Universidad Autónoma Metropolitana (UAM)
- Universidad Autónoma Agraria Antonio Narro (UAAAN)
- Universidad Autónoma de Chapingo (UACh)
- Universidad Abierta y a Distancia de México (UnADM)
- Universidad Pedagógica Nacional (UPN)
- El Colegio de México (COLMEX)
- Centro de Investigación y Docencia Económicas, A.C. (CIDE)